《意見》要求，中標企業要與區縣政府簽訂協議，明確改造目標、改造范圍、改造要求、工程進度時限和雙方權利、義務關系及違約責任等。要明確項目法人，終身對住房質量負責；要落實綠色建筑行動方案，執行綠色建筑標準。表示，為確保建設用地供應，將加大供地支持，優先安排棚戶區改造安置房建設用地。對未完成棚戶區改造供地任務的區縣，原則上不予安排商品住房建設用地。同時，對納入政府統一組織實施棚戶區改造的國有土地，規劃含有回遷商品住房的，可將棚戶區改造前期工作及擬改造土地的使用權一并在土地市場通過招標方式確定土地使用權人。規劃用地性質為商業金融等其他經營性用地且不含有回遷安置房(定性為商品住房)的，按照“拆遷建設分離”原則，在項目用地征收完成后，在土地市場公開入市交易。棚戶區改造異地安置后騰退的經營性用地，一律通過招拍掛方式供地，以平衡棚戶區改造資金。

《意見》還明確，棚戶區改造安置補償包括貨幣補償和房屋產權調換，由棚戶區內的居民自愿選擇。棚戶區改造安置房實行原地和異地建設相結合，規劃條件允許的地區，盡可能實現就地安置。對中心城區因文物保護、規劃條件限制等無法就地安置的，可進行異地安置，異地安置要充分考慮居民就業、就醫、就學、出行等需要，合理規劃選址，盡可能安排在交通便利、配套設施齊全地段。此外，居民實現異地安置后，原在輸出區享有的子女就學、養老、醫療等待遇不變。人口輸入區因承接核心城區人口疏解而增加的常住人口，不納入人口調控考核范圍。

據2013年北京市制訂的棚戶區改造計劃稱，北京5年將投入5000億元，使23萬戶、70萬棚戶區中的居民改善居住條件。